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La ciudad-capital está situada en la Sabana de Bogotá, sobre el altiplano cundiboyacense (Cordillera Oriental de los Andes), a una altitud de unos 2640 msnm. Tiene un área total de 1732 km² y un área urbana de 384,3 km². El territorio donde se asienta la ciudad fue antiguamente un lago. De esto dan evidencia los humedales que cubren algunos sectores no urbanizados de la Sabana y en la localidad de Suba. A la llegada de los primeros conquistadores este territorio estaba cubierto de pantanos.
Está delimitada por un sistema montañoso en el que se destacan los cerros de Monserrate (3152 msnm de altura) y Guadalupe (3250 msnm de altura) al oriente de la ciudad. Se encuentra comunicada con el cerro de Monserrate a través de los servicios de transporte de teleférico y funicular. El Santuario que allí se encuentra, es considerado el mayor atractivo de la capital. Al cerro de Guadalupe se accede a través de la vía a Choachí.

Laguna Juan Amarillo y Club Los Lagartos
Su río más extenso es el río Bogotá, que desde hace varias décadas presenta altos niveles de contaminación, y por ende el gobierno de la ciudad a liderado varios proyectos de descontaminación. Otros ríos importantes en la ciudad son el río Tunjuelo, que discurre por el sur de la ciudad, el río Fucha, el río Juan Amarillo (Salitre), los cuales desembocan en el río Bogotá.
Las cataratas del Salto del Tequendama en Sibaté, hacen parte del río Bogotá y son un sitio turístico a las afueras de la ciudad, por su otrora esplendor. Finalmente el río desemboca en el río Magdalena, a la altura del municipio cundinamarqués de Girardot.
La zona en donde está ubicada la ciudad, la cual corresponde a la placa tectónica sudamericana, presenta una importante actividad sísmica, que se evidencia con los terremotos que ha sufrido durante su historia, registrados en 1785, 1827, 1917 y 1948. Estos dos últimos, sumados a varios incendios, destruyeron gran parte de la zona colonial de la antigua Santafé.

Vista del centro de la ciudad desde el Parque Salitre Mágico
Además aunque aún continúan siendo municipios pertenecientes al Departamento de Cundinamarca, las poblaciones de Soacha, Zipaquirá, Facatativá, Chía, Mosquera, Madrid, Funza, Cajicá, Sibaté, Tocancipá, La Calera, Sopó, Tabio, Tenjo, Gachancipá y Bojacá conforman el Área Metropolitana de Bogotá, reconocida por el último censo nacional realizado por el DANE en 2005.
Reúnen una población de más de 1 millón de habitantes, conformando una misma zona urbana con Bogotá. Están integrados además, conurbados a su territorio (es decir sin peajes), Soacha y Sibaté hasta la llegada a las cataratas del Salto de Tequendama y el zoológico Santa Cruz en el peaje Chusacá caso de la parte sur. En la parte norte hasta el Puente del Común en el límite con Chía. En el occidente hasta el peaje Siberia absorbiendo el Parque Metropolitano La Florida y parte de Cota. En el oriente está La Calera, totalmente unida a la ciudad y además es un sector turístico de fácil acceso. En ninguna parte de la jurisdicción de la ciudad hay peajes, caso muy distinto a lo que ocurre en capitales como Londres. Sólo cuando se construya la Avenida Longitudinal de Occidente (ALO) que unirá Chusacá con el sector de La Caro en el municipio de Chía, habrá dos peajes tipo TAG como los usados en las autopistas de Santiago de Chile a lo largo de esta vía