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Artículo principal: Historia de Bogotá

Desde el 10500 a. C., grupos humanos habitaban la zona con actividades de caza y recolección. Desde el 3500 a. C., ya se registran actividades hortícolas, de alfarería y la domesticación del curí por grupos que aun dependían de la caza y recolección. En el 500 a. C., ya estaba muy difundido el cultivo del maíz y la papa. Hacia el año 800 de la era actual, los muiscas (pueblo indígena más importante de la familia Chibcha) habitaban la zona, como resultado de una migración de origen chibcha, procedente de otro territorio (probablemente venidos desde Centroamérica), que se había mezclado con la población anterior.
Para el año 1200 la Confederación Muisca ya estaba establecida en su totalidad (se calcula que su población era cercana al millón de habitantes, pero para el momento de la conquista había descendido a unos 650 000). El primer Zipa y príncipe de Bacatá del que se tiene conocimiento fue Meicuchuca en 1450, al que Saguanmachica vino a suceder veinte años más tarde.

Período colonial
"Mural del Salón Eliptico del Congreso de Colombia" eleborado por Santiago Martínez Delgado
La "fundación de facto" de la ciudad de Santafé fue celebrada el 6 de agosto de 1538 por el conquistador español Gonzalo Jiménez de Quesada, con la construcción de doce chozas en honor a los apóstoles y una iglesia en el sitio llamado Thybzaca, (en español Teusaca, de ahí el origen del nombre del barrio Teusaquillo), donde estaba la casa de verano del Zipa. Algunos historiadores ubican el lugar de la iglesia en la actual plazoleta del Chorro de Quevedo, otros en donde estaba la capilla del Humilladero, borde nororiental de la actual Plaza Santander, y la versiones más acertadas, en el lugar donde ahora esta el altar mayor de la Catedral Primada de Bogotá.
Luego de haber derrotado a los muiscas y conquistado el Valle de los Alcázares, hoy Sabana de Bogotá, entre 1536, año en que Jiménez llegó a la Sabana, (después de arribar con más de 500 hombres en su expedición desde Santa Marta y terminar con tan solo 70), y 1538, Jiménez también realizó la "fundación jurídica" de Santafé el 22 de abril de 1539, junto con Nicolás de Federmann y Sebastián de Belalcázar.[5] Inicialmente llamada Nuestra Señora de la Esperanza, en la fundación jurídica cambió su nombre a Santafé.
Desde que Jiménez denominó, en 1538, a todos los territorios que rodeaban Santafé como el Nuevo Reino de Granada, Santafé fue durante todo el periodo colonial la sede del gobierno de la Audiencia del Nuevo Reino de Granada (creada en 1550) y capital de éste, dependiente del Virreinato del Perú. Luego fue capital del Virreinato de Nueva Granada —tras la creación del mismo en 1717—, acogiendo a los virreyes. Junto con el puerto de Cartagena de Indias, fueron las ciudades más importantes en el territorio que hoy constituye la nación colombiana. Cronistas de la época reportan un misterioso ruido que provocó pánico en los habitantes de Santa Fe la noche del 9 de marzo de 1687, fenómeno que se denominó Tiempo del Ruido.
La real cédula del emperador Carlos I elevó a Santafé, en 1540, a la categoría de ciudad. El Cabildo de Santafé ya había sido establecido en 1539, y en 1548 el emperador le otorgó el título de muy noble, muy leal y ciudad más antigua del Nuevo Reino, y por blasón de armas un escudo en que está una águila negra en campo de oro, con una granada abierta en cada garra, orlado de algunos ramos de oro en campo azul.

Casa de Nariño
Alexander von Humboldt visitó Bogotá entre 1800 y 1804, denominándola la Atenas de América en honor a sus instituciones culturales y científicas, entre las que se contaba el primer observatorio astronómico de América del Sur, fundado por José Celestino Mutis.
En la ciudad habitaban algunos de los criollos más influyentes del Virreinato (próceres de la talla de Policarpa Salavarrieta y Antonio Nariño), por lo que en gran medida fue allí donde se gestó el movimiento independentista que llevó a los hechos del 20 de julio de 1810 y que desembocaron en la primera independencia de Colombia, siendo Santafé el primer territorio en independizarse.
Estos hechos se conocen como el evento de El Florero de Llorente, cuando los hermanos Francisco y Antonio Morales entraron a pedir prestado, para adornar una cena con un funcionario real llegado de España, un florero al comerciante español José González Llorente, que tenía un almacén en la esquina nororiental de la hoy llamada Plaza de Bolívar, siendo rechazados de mala forma por éste, lo que fue tomado como una excusa para provocar una reyerta que terminó en disturbios entre la población. Este hecho marca el inicio de las luchas y el Grito de Independencia. Si bien el territorio fue reconquistado por los españoles en 1816, finalmente en 1819 se obtuvo la independencia definitiva.

Período republicano

Palacio de Justicia (costado Norte de la Plaza de Bolívar)
Después de la independencia de 1819, Santafé recibió nuevamente el nombre indígena de la antigua capital muisca: Bogotá (aunque el pueblo fue renombrado como Funza). De hecho, desde siempre su nombre oficial fue Santafé de Bogotá pero se le denominaba comúnmente solo como Santafé para distinguirla de la actual Funza.
La ciudad se convirtió en capital de la república de la Gran Colombia liderada por el libertador Simón Bolívar, que se disolvió poco después dando inicio a los hoy estados de Ecuador, Colombia, Venezuela y Panamá. El 17 de abril y el 19 de junio de 1876 el Concejo de la ciudad en sus acuerdos 6 y 8 establecen la nomenclatura y numeración de calles y carreras cambiando los tradicionales nombres de las calles por números consecutivos tal y como se manejan en la actualidad.[6] La historia de Colombia y Bogotá en el resto de ese siglo fue una seguidilla de guerras civiles, entre las cuales la más trascendental fue la Guerra de los Mil Días, en la que las facciones Conservadora y Liberal desangraron al país dando lugar a grandes batallas en territorio de Bogotá y sus alrededores (Usaquén). Esta guerra dio la bienvenida al siglo XX. En el período de la federalización de 1861 a 1886, Bogotá recibió el título de Capital Federal y sus pocos barrios fueron elevados a la categoría de cantones, volviendo a la normalidad tras la constitución de 1886.

Capitolio Nacional (costado Sur de la Plaza de Bolívar)
En esta época la población de la ciudad apenas superaba los 100 mil habitantes. En 1881 se estrenó la primera línea del Ferrocarril de Bogotá desde San Victorino hasta Facatativá, la cual, finalizando el siglo XIX, ya contaba con más de 100 km de vías férreas permitiendo, con los empalmes, llegar a distintas zonas del país e incluso hasta el Mar (Santa Marta). En 1884 comenzó a operar el servicio de tranvía de mulas (de la Plaza de Bolívar a Chapinero), y en 1910 hizo lo propio el sistema de tranvía eléctrico, que hasta los años 1940 se extendió en múltiples líneas alrededor de la ciudad y sus cercanías. Junto con el tren, estos medios de transporte fueron los pilares de la interacción, crecimiento y desarrollo futuro de la capital y sus alrededores.

Siglo XX
Con el siglo se inició un período de florecimiento urbanístico. En los años 1920 se inauguró el primer aeropuerto de Latinoamérica, siendo Colombia el primer país en tener líneas aéreas comerciales.
En 1925 con la fundación de la Compañía Nacional de Electricidad, José Domingo Dávila Pumarejo le suministró a la ciudad el servicio de energía eléctrica ininterrumpido, luego de aprovechar la caída de agua del río Bogotá a la altura del Salto del Tequendama. Cabe anotar que esta central eléctrica aun se encuentra en funcionamiento.
A partir de la década de 1930 se llevaron a cabo los primeros proyectos urbanísticos con motivo del cuarto centenario de su fundación, entre los que cabe destacar la construcción del complejo urbanístico en el por entonces naciente barrio de Teusaquillo, la Ciudad Universitaria, el Parque Nacional y el estadio de fútbol Nemesio Camacho (El Campín).

Catedral Primada de Bogotá (costado Este de la Plaza de Bolívar).
En la época comprendida entre 1940 y 1960 se desarrollaron otros importantes proyectos inspirados en el International Style y los dogmas de Le Corbusier, entre los que cabe destacar el Centro Residencial Antonio Nariño.
Dicho florecimiento se vio abruptamente detenido tras la muerte de Jorge Eliécer Gaitán el 9 de abril de 1948, que fue seguida por la destrucción y el saqueo de gran parte de la ciudad, provocados por una multitud enardecida. Después de este suceso conocido como el Bogotazo, el desarrollo de la ciudad fue afectado profundamente.
El 30 de abril de 1948 se firmó el Pacto de Bogotá como parte de la IX Conferencia Panamericana realizada en la ciudad durante este mes, y que se suscribió en mayo de 1949 ante la ONU. De éste se generó la creación de la Organización de Estados Americanos (OEA), en un compromiso de buscar siempre soluciones pacíficas en los conflictos entre los países americanos.
Luego del Bogotazo, las familias pudientes, que hasta ese momento habían habitado mayoritariamente el centro de la ciudad, se fueron desplazando paulatinamente a otros sectores de la ciudad como Chapinero y El Chicó, e incluso a poblaciones cercanas como Usaquén y Suba. Estos desplazamientos obligaron a la ciudad -que hasta ese momento era un pequeño burgo centralista, sede de pensadores y políticos- a modernizarse y ampliarse hasta estas nuevas poblaciones, cuando históricamente su extensión no superaba la de las actuales localidades de La Candelaria y Santafé.
Tras el Bogotazo, el país se vio sumido en una ola de violencia rural, que aún en la actualidad no se ha detenido totalmente. Consecuencia directa de ello ha sido el desplazamiento masivo de la población rural, que ha migrado hacia las principales ciudades del país. A causa de ello, Bogotá pasó de tener 831.800 habitantes en 1951 a 6.840.116 en la actualidad (solo en el perímetro, y alrededor de 8 millones en el área metropolitana) y ubicarse entre las 30 ciudades más pobladas del mundo. Si bien en este aumento hay que considerar la anexión de los municipios metropolitanos debida a la expansión de la capital, el factor inmigratorio es la parte primordial.

Torres del Centro Internacional
La breve dictadura militar de mediados de los años 1950, dirigida por el General Gustavo Rojas Pinilla, contribuyó enormemente al desarrollo de la ciudad, orientando la urbanización hacia el occidente, principalmente gracias a la construcción de la Autopista Norte, del nuevo Aeropuerto Internacional El Dorado (inaugurado en 1959) y la reconstrucción de la avenida que lo unía al centro de la ciudad (Calle 26 o El Dorado) y el entonces ultra moderno Centro Internacional. A pocas calles de éste también se inauguró, en 1951, el hotel más importante del país, llamado primero San Diego, posteriormente cambiaría su nombre a Tequendama (a finales de la década), luego paso a llamarse Tequendama Intercontinental (ya que es administrado por esta firma hotelera) y actualmente es sede del Crowne Plaza Tequendama Bogotá.
El 1 de enero de 1955 se creó el Distrito Especial, como Área Metropolitana de Bogotá, son integrados allí los municipios de Bosa, Engativá, Fontibón, Suba, Usme y Usaquén; así mismo el caserío de Chapinero es integrado al perímetro de la capital y se constituyó como la primera alcaldía menor de la ciudad.
En 1961, durante la presidencia de Alberto Lleras Camargo, y con el dinero otorgado por el presidente de los Estados Unidos de América. John Fitzgerald Kennedy como parte del proyecto de la Alianza para el Progreso, se desarrolló la construcción del barrio Ciudad Kennedy en cercanías del popular barrio de Techo.

Vista nocturna de la Torre Colpatria, el edificio más alto del país.
En 1964 la zona de Puente Aranda (primero residencial y luego emporio industrial) recibió también el nombramiento de alcaldía menor, siendo en 1967 seguida por la extensión del barrio Ciudad Kennedy.
Para 1972 se dividió el distrito en 16 alcaldías menores, incluyendo los municipios anexos. Nuevas alcaldías fueron los tres tradicionales sectores del centro: Santafé, Teusaquillo y Los Mártires; los Barrios Unidos del Norte -aparecidos en los años 1920 y legalizados en 1933-, Antonio Nariño, San Cristóbal (éstas al sur de la antigua ciudad) y Tunjuelito, segregada de Usme.
En 1977 se creó la alcaldía menor de La Candelaria, gracias al esfuerzo de la Corporación Centro Histórico La Candelaria en preservar y reservar esta zona histórica de la ciudad.
En 1983, debido al caos generado por las invasiones al sur, el gobierno dispuso el plan Ciudad Bolívar y esta pasó a ser otra localidad más de la ciudad.
Algunos hechos para destacar durante la violenta y llena de terror década de 1980 son la crisis de rehenes de la Embajada de República Dominicana, que sólo se solucionó tras 19 días; el robo de la espada de Simón Bolívar, que era propiedad del Libertador y que fue sustraída de la Quinta de Bolívar; el robo de gran cantidad de armamento militar del Cantón Norte (Usaquén) y la toma y crisis de rehenes del Palacio de Justicia (1985), que terminó en tragedia luego de la toma por la fuerza del recinto por parte del ejército y la desaparición de muchos de los que allí se encontraban, sin que nunca se haya podido saber con exactitud lo ocurrido y dando lugar a mutuas recriminaciones que aún hoy se escuchan entre ex-guerrilleros del M-19 y Gobierno.
Vale la pena mencionar también el atentado realizado con más de 500 kilos de explosivos contra el edificio del DAS (Departamento Administrativo de Seguridad) el 6 de diciembre de 1989 -el principal objetivo era su director, el general Miguel Alfredo Maza Márquez- por parte de Pablo Escobar y Los Extraditables, que ocasionó más de 60 muertos y fue la peor de las acciones perpetradas por el grupo en la Capital. Sin embargo, el espíritu de los bogotanos mostró su temple frente a la adversidad.[7]

Edificios del norte de Bogotá
Con la Constitución de 1991, el Distrito Especial se convirtió en Distrito Capital, se integraron todos estos municipios a su perímetro urbano, las zonas se elevaron a localidades, dividiéndose el Distrito en 20 localidades, incluyéndose ahora la de Rafael Uribe Uribe -segregada de Antonio Nariño- y la nueva localidad de Sumapaz, netamente rural, donde están los corregimientos de San Juan de Sumapaz y Betania, y las inspecciones de policía de Concepción, Nazareth y Pasquilla, que fueron añadidas en los años de 1960 para preservar este pulmón de la ciudad y tener control sobre el páramo y por seguridad en las zonas montañosas de acceso a la ciudad.
A partir de la década de 1990, la ciudad experimentó importantes cambios durante las administraciones de los alcaldes mayores Antanas Mockus y Enrique Peñalosa. Se inició la construcción del destacado sistema de transporte masivo Transmilenio, basado en modelos de transporte metropolitano implementados con éxito en Brasil, pero desarrollado con una mayor complejidad y amplitud. Actualmente es uno de los orgullos de la ciudad y es considerado un ejemplo en cuanto a movilización urbana. Igualmente se realizó una importante labor de recuperación del espacio público peatonal, especialmente en el centro de la ciudad con la construcción del Eje Ambiental(calle 13 o avenida Jimenez ), la recuperación de la plazoleta del barrio San Victorino(calle 13 con carrera 13), la construcción del Parque Tercer Milenio en el sector marginal conocido como El Cartucho, entre otras, sumadas a la construcción de una red de bibliotecas públicas y una red de ciclorrutas por toda la ciudad, además en Bogotá se encuentra la Torre Colpatria de 196 metros de altura , el edificio más alto del país y el cuarto edificio más alto de Latinoamérica.

Siglo XXI
En el año 2000 Antanas Mockus fue elegido para un nuevo período al frente de la ciudad. En 2003 Luis Eduardo Garzón, del Polo Democrático Independiente, ganó las elecciones. En este último período, se han continuado los megaproyectos iniciados por administraciones anteriores, sobre todo en infraestructura vial para el sistema de transporte masivo, Transmilenio. Además de eso, la implementación de una marca-ciudad para atraer turismo e inversión y programas sociales, que incluyen la creación de comedores comunitarios y la ampliación de la cobertura educativa para la población de bajos recursos.
A pesar de estar alejado de los principales actos terroristas y de la guerra que se vive en el país, Bogotá ha sido golpeada varias veces por atentados con bombas, siendo especialmente importantes de mencionar el atentado al Club El Nogal en 2003 perpetrado por las FARC.
En la actualidad la capital de colombia se ha recuperado de todos los obstaculos e inseguridades, ahora la ciudad y es una de las ciudades mas seguras de Latinoamerica, es un paradigma de urbanismo y de conciencia social, sufre una bonanza en los sectores de la construcción, finanzas, infraestructura y hotelería, que no an impedido el desarrollo de las artes y la cultura, la ciudad esta plagada de galerías de arte, academias de música, centros gastronómicos, centros de alta tecnología, bibliotecas, etc.
En el año 2008 el nuevo alcalde de Bogotà luego de un debate que casi le cuesta su popularidad Samuel Moreno arranca una nueva fase en la ciudad capitalina